拉卡拉POS机公司的总部实际上位于北京。尽管拉卡拉公司在上海也有分支机构和运营中心，但公司的核心管理、研发和运营部门都位于北京。
首先，拉卡拉POS机公司作为一家在支付领域具有重要影响力的企业，其总部设置通常会考虑到公司的战略规划、研发实力以及市场布局。北京作为中国的首都，拥有丰富的金融、科技和人才资源，这为拉卡拉公司的长期发展提供了良好的环境。
其次，从地理位置上看，北京位于中国的中心地带，交通便利，有利于拉卡拉公司与各地的合作伙伴、客户以及政府部门进行沟通和交流。此外，北京作为中国的主要经济中心之一，对于支付行业的发展也具有重要意义。
虽然上海也是中国的重要经济中心和金融中心，但与北京相比，拉卡拉公司在上海的分支机构更多的是承担了业务拓展和市场运营的任务。这表明拉卡拉公司对于上海市场的重视，但并不意味着上海是公司的总部。
最后，需要指出的是，虽然拉卡拉POS机公司在北京设立了总部，但并不意味着上海的分支机构就相对较弱。事实上，上海的分支机构在拉卡拉公司的整体布局中扮演着重要角色，为公司的业务发展提供了有力支持。
综上所述，拉卡拉POS机公司的总部位于北京，尽管上海也有重要的分支机构和运营中心，但北京是公司的核心所在。
